أسست جامعة دنقلا بالقرار الجمهوري رقم (67) لسنة 1994م بكليات جامعة وادي النيل الثلاث التي تقع جغرافياً في الولاية الشمالية بحدودها الحالية، وهي: كلية العلوم الزراعية/ السليم، كلية الآثار والتراث/ كريمة، وكلية علوم الأرض والتعدين/ وادي حلفا. ومن ثّم إنطلقت الجامعة نحو التطور والتوسع ليبلغ عدد كلياتها ثلاثة عشر (العلوم الزراعية، الآداب والدراسات الإنسانية، علوم الأرض والتعدين، التربية/ معلمين، الشريعة والقانون، التربية/ أدبي، الطب والعلوم الصحية، الإقتصاد والعلوم الإدارية، الدراسات العليا، التقانة والتنمية البشرية، التربية/ رومي البكري، العلوم الإدارية، وكلية المجتمع) ومراكزها البحثية والتدريبية ثلاث مراكز (مركز الشيخ حمد العبدالله الجميح للبحوث الطبية، مركز أبحاث التراث، ومركز تطوير الأداء الأكاديمي والتنمية البشرية).
يقع مقر إدارة الجامعة بمدينة دنقلا، وللجامعة بنية تحتية قابلة للتطور والتوسع حيث هناك دراسات لإضافة بعض الكليات الأخرى والتي يحتاج إليها مجتمع الولاية الشمالية.